Штамм, от которого, возможно, не спасает вакцина: что известно о новом варианте СOVID-19

Почему новый штамм вызывает обеспокоенность?  

Впервые новый штамм был обнаружен в Ботсване, после чего начал активно распространяться в Южной Африке. Ему присвоили код B.1.1.529, ожидается, что ВОЗ назовет его «Ню» – следующая доступная буква греческого алфавита. Новый вариант вируса отличается большим количеством мутаций в шиповидном белке, отвечающем за проникновение и закрепление вируса в организме. Таких мутаций у нового штамма больше, чем у любого другого варианта вируса. Научный сотрудник Имперского колледжа Лондона Том Пикок написал, что у нового штамма «по-настоящему ужасный мутационный профиль спайк-белка» – эту формулировку подхватили и стали использовать многие западные СМИ.

Just spotted: very small cluster of variant associated with Southern Africa with very long branch length and really awful Spike mutation profile including RBD - K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505Hhttps://t.co/kgA9c1hKDa

— Tom Peacock (@PeacockFlu) November 23, 2021

Всего ученые обнаружили 32 мутации в шиповидном белке – ключе, который вирус использует для проникновения в организм, объяснил директор центра инноваций и реагирования на эпидемии в ЮАР Тулио де Оливейра. При этом эти мутации направлены на улучшение способности вируса уходить от иммунной защиты, пишет FT.

Это и вызывает опасения, что новый штамм будет способен обходить в том числе защиту, полученную от вакцинации, объяснил Оливейра. Большое количество мутаций содержится в участках шипа, отвечающих за определение вирусом антител в нашем организме, что в теории позволит вирусу лучше избегать их, пишет Nature. Как это будет происходить на практике и насколько новые мутации скажутся на распространении вируса, пока неясно, ученые лишь приступили к изучению нового варианта вируса, отмечает журнал. 

Одними из первых штамм начали изучать вирусологи из Университета Витватерсранда в Йоханнесбурге. По словам руководителя группы Пенни Мур, компьютерная модуляция уже показала, что новый штамм, вероятно, может обходить иммунитет, вызываемый так называемым Т-лимфоцитами. Этот вид иммунитета был обнаружен у людей, которые не болели и не прививались, а получили его, по всей вероятности, из-за контакта с другими похожими вирусами. 

Еще одна мутация вируса делает его гораздо более легко обнаруживаемым с помощью обычного ПЦР-теста, а не более долгой процедуры секвенирование генома, пишет Оливейра.  

Because this variant (B.1.1.529) can be detected by a normal qPCR due to deletion at Spike position 69-70 (like Alpha), it will make it easy for the world to track it. We estimate that 90% of the cases in Gauteng (at least 1000 a day are this variant, due to qPCR proxy testing) pic.twitter.com/QFU7javFA9

— Tulio de Oliveira (@Tuliodna) November 25, 2021

Не все мутации вируса новые. Например, мутация N501Y уже встречалась в варианте «альфа» – она была одним из восьми изменений в шиповидном белке и отвечал за скорость распространения того штамма. 

Насколько быстро распространяется новый штамм?

Пока было подтверждено относительно небольшое число случаев заражения этим штаммом: около 100 случаев в провинции Гаутенг в Южной Африке, четыре случая в Ботсване и один в Гонконге. Но, по оценкам де Оливейры, около 90% новых случаев заболевания в провинции ЮАР Гаутенг, которая включает столицу Йоханнесбург, уже могут быть вызваны новым вариантом. Если его оценка верна, то за две недели новый штамм стал доминирующим в Южноафриканских провинциях, практически вытеснив «дельту». 

This new variant, B.1.1.529 seems to spread very quick! In less than 2 weeks now dominates all infections following a devastating Delta wave in South Africa (Blue new variant, now at 75% of last genomes and soon to reach 100%) pic.twitter.com/Z9mde45Qe0

— Tulio de Oliveira (@Tuliodna) November 25, 2021

На модели, построенной FT, также хорошо видно, насколько новый штамм быстрей распространяется по ЮАР по сравнению со своими предшественниками. 

Ранее Южная Африка уже пережила три крупные волны коронавируса, и до этой недели в стране был спад заражений. Однако если неделю назад в стране в день выявляли порядка 300 случаев в день, на этой неделе это количество достигло 2400. Из них 1950 пришлось как раз на провинцию Гуатенг, где распространяется новый штамм вируса.  

Насколько новый штамм опасен?

Делать окончательные выводы о способности нового штамма избегать вакцинной защиты, рано, отмечает Nature – из-за крайне низкого уровня вакцинации в Южной Африке (24%). Ученые пока не могут предсказать, как штамм поведет себя в более вакцинированных популяциях.

По классификации ВОЗ, только четыре штамма коронавируса относятся к «вызывающим опасения»: «альфа» (британский вариант), «бета» (другой вариант из ЮАР), «гамма» (бразильский штамм) и «дельта», которая сейчас является доминирующим в мире штаммом. Nature напоминает, что за время пандемии уже не раз случалось, что новый штамм вируса на бумаге вызывал серьезную обеспокоенность, а на деле не приводил ни к чему. Так, например, случилось, с бета-вариантом вируса, который также попал в разряд «вызывающих опасения», однако не стал доминирующим в мире.  

«Природа вирусов предполагает частые и случайные мутации, и нет чего-либо необычного в появлении небольшого количества случаев, когда отмечается новый набор мутаций. Любой вариант, демонстрирующий признаки распространения, быстро проходит процедуру оценки», – объясняет Мира Чанд из Агентства по охране здоровья Великобритании. 

Директор Института генетики Университетского колледжа Лондона Франсуа Баллу считает, что у варианта «дельта»  трансмиссивность коронавируса уже достигла вероятного пика для инфекции такого типа в 6–7 единиц (число человек, которых заражает носитель вируса). И это не оставляет новому штамму пространства для роста, считает Баллу. 

Научный консенсус сейчас заключается в том, что «дельта» не останется господствующим вариантов навсегда, пишет FT, и на его место придут другие варианты вируса. Но станет ли этим штаммом вариант, распространившийся в ЮАР, пока не понятно.

Фото на превью: Leo Correa / AP